Do trục thanh mảnh và hệ thống treo đỡ linh hoạt nên máy ly tâm chuyên dụng có kích thước tương đối cao. Trong quá trình lắp đặt, phải có đủ không gian vận hành và bảo trì xung quanh máy ly tâm và cũng phải duy trì khoảng trống thích hợp phía trên nó. Phải cung cấp thiết bị nâng để tạo điều kiện thuận lợi cho việc tháo gỡ và lắp ráp các bộ phận quay trong quá trình bảo trì.
Do có hệ thống treo hỗ trợ nên độ thẳng đứng của trục chính phải được đảm bảo trong quá trình lắp đặt. Sử dụng mức 0,2/1000 để hiệu chỉnh trục so với mặt phẳng lắp động cơ. Sau đó, cố định đế hoặc khung và kiểm tra xem trục chính có thẳng đứng hay không, tức là thẳng hàng với vỏ máy ly tâm.
Tủ điều khiển điện của máy ly tâm chuyên dụng nên đặt ở phòng điều khiển gần khu vực mổ. Cần xem xét các yêu cầu về môi trường như thông gió, khô ráo và không bị ăn mòn ở pha hơi. Khi sử dụng bộ điều khiển biến tần, điều hòa không khí và quạt hút cần phải đảm bảo các bộ phận điện có thể hoạt động bình thường trong quá trình tăng giảm tốc độ thường xuyên của máy ly tâm.